kenken0807_DBメモ

つば九郎が好きなDBAです。Oracle Standard Editionでの運用やツールとかとかの備忘録。特に記載がない場合はoracle11gR2です。時々MySQL

sysbench1.0でMySQLベンチマークするメモ

sysbench1.0でMySQLベンチマークとったのでその方法のメモ。 OSはCentOS7.3

MySQLyumでインストールする

# wget https://dev.mysql.com/get/mysql57-community-release-el7-11.noarch.rpm
# rpm -i mysql57-community-release-el7-11.noarch.rpm
# yum install -y mysql-server mysql
# systemctl start mysqld

パスワード確認

# cat /var/log/mysqld.log | grep "temporary pass"
2017-08-01T09:23:25.727487Z 1 [Note] A temporary password is generated for root@localhost:xxxxxxxx

sysbench1.0 インストー

参考

github.com

# curl -s https://packagecloud.io/install/repositories/akopytov/sysbench/script.rpm.sh | sudo bash
# sudo yum -y install sysbench

ベンチマークテスト

準備

  • データベース作成
mysql> CREATE DATABASE sysbenchdb;
  • prepare
    • mysql-dry-run=ONで実際に実行せずに確認できる
# sysbench oltp_common \
    --mysql-dry-run=off \
    --db-driver=mysql \
    --mysql-user=root \
    --mysql-password=test \
    --mysql-db=sysbenchdb \
    --table_size=1000 \
    --tables=20 \
    prepare

実行

–threadsでスレッド数。 –timeで時間指定(秒)。

# sysbench oltp_read_write \
    --mysql-dry-run=off \
    --db-driver=mysql \
    --mysql-user=root \
    --mysql-password=test \
    --mysql-db=sysbenchdb \
    --table_size=1000 \
    --tables=20 \
    --threads=2 \
    --time=30 \
    run

sysbench 1.0.8 (using bundled LuaJIT 2.1.0-beta2)

Running the test with following options:
Number of threads: 2
Initializing random number generator from current time


Initializing worker threads...

Threads started!

SQL statistics:
    queries performed:
        read:                            430766
        write:                           122987
        other:                           61509
        total:                           615262
    transactions:                        30740  (1024.40 per sec.)
    queries:                             615262 (20503.45 per sec.)
    ignored errors:                      29     (0.97 per sec.)
    reconnects:                          0      (0.00 per sec.)

General statistics:
    total time:                          30.0055s
    total number of events:              30740

Latency (ms):
         min:                                  1.72
         avg:                                  1.95
         max:                                 10.54
         95th percentile:                      2.14
         sum:                              59936.56

Threads fairness:
    events (avg/stddev):           15370.0000/160.00
    execution time (avg/stddev):   29.9683/0.00

oltp_read_writeのような[testname]は下のlua scripts

# ls /usr/share/sysbench/
bulk_insert.lua  oltp_insert.lua        oltp_read_write.lua        oltp_write_only.lua       tests
oltp_common.lua  oltp_point_select.lua  oltp_update_index.lua      select_random_points.lua
oltp_delete.lua  oltp_read_only.lua     oltp_update_non_index.lua  select_random_ranges.lua

xtrabackupの--ftwrl-wait-timeoutと--ftwrl-wait-thresholdのメモ

xtrabackupの–ftwrl-wait-timeoutと–ftwrl-wait-thresholdをいつも忘れてしまうのでメモ。 xtrabackup2.4で試す。

  • –ftwrl-wait-threshold
    Flush table with read lockを実行するタイミングでのクエリの実行時間。デフォルト60秒。

  • –ftwrl-wait-timeout
    –ftwrl-wait-thresholdの時間を過ぎたクエリがあった場合、Flush table with read lockを実行するために待機する時間。デフォルト0秒。よって待機しない。

xtrabackupの基本流れ

xtrabackup start
   |   ibd file copy and innodb log copy
   |
   |            ← Flush table with read lock
   |   non-innodb file copy 
   |            ← UNLOCK TABLES
xtrabackup finish

例:–ftwrl-wait-timeout=1800 and –ftwrl-wait-threshold=10

xtrabackup start
   |   ibd file copy and innodb log copy
   |
   |      ← 1.Flush table with read lockの実行前にこの時点で10秒以上経過したクエリがあるかチェック
   |              1-1.ない場合はFlush table with read lockを実行して、2はスキップ。
   |              1-2.ある場合は Flush table with read lockを実行せずに1800秒待機。2へ。
   |
   |       2.1800秒の間に毎秒、その10秒以上経過したクエリが終了したかチェック
   |              2-1. クエリが終了していた場合はFlush table with read lockを実行
   |              2-2. クエリが終了せずに1800秒経過した場合はbackup失敗で終了
   |   non-innodb file copy 
   | 
   |      ← UNLOCK TABLES 
xtrabackup finish 

1のタイミングでクエリが8秒経過(10秒未満)していたとすると、1-1でFlush table with read lockがSET SESSION lock_wait_timeout=31536000で実行される。 しかし、このクエリがいつまでも終わらない場合はFlush table with read lockがwaiting flush tablesでずっと待たされてしまって、その他テーブルへの更新がブロックされてしまうので注意。

なるほど、こんな場合もあるのかー。

MySQLのsql_modeにあるORACLEとは

これはJPOUG Advent Calendar 2016の16日目の記事です。

最初に言っておきますが、この記事はなんも役に立ちません!

では始めます。

MySQLsql_modeにはいろいろとsqlの動作の設定ができるんですが、
ここにORACLEというのが選択できます。
たぶんOracle databaseっぽく動作するんでしょうけど、設定したらどうなるか確認しました。
MySQLのバージョンは5.6.34です。

設定

mysql > select @@sql_mode;
+------------------------+
| @@sql_mode             |
+------------------------+
| NO_ENGINE_SUBSTITUTION |
+------------------------+
1 row in set (0.00 sec)

mysql> set global sql_mode=ORACLE;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)

sql_modeのデフォルトはNO_ENGINE_SUBSTITUTION
set globalでORACLEを設定します。で、sql_modeを確認すると、

mysql > select @@sql_mode;
+----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
| @@sql_mode                                                                                                           |
+----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
| PIPES_AS_CONCAT,ANSI_QUOTES,IGNORE_SPACE,ORACLE,NO_KEY_OPTIONS,NO_TABLE_OPTIONS,NO_FIELD_OPTIONS,NO_AUTO_CREATE_USER |
+----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
1 row in set (0.00 sec)

いっぱい表示されました。

MySQL :: MySQL 5.6 リファレンスマニュアル :: 5.1.7 サーバー SQL モード

マニュアルを見ると、いろんなsql_modeの組み合わせてOracle databaseの動作っぽくしてるみたいです。
他にもMSSQLPOSTGRESQLなど選択できるようです。

動作の確認

sql_modeに追加された各モードの動作を確認してみます。

PIPES_AS_CONCAT

これは||を文字列結合に変更されます。従来ではORのシノニムです。

  • sql_mode:デフォルト
mysql> select 0 || 1 ;
+--------+
| 0 || 1 |
+--------+
|      1 |
+--------+
1 row in set (0.00 sec)
mysql> select 0 || 1 ;
+--------+
| 0 || 1 |
+--------+
| 01     |
+--------+
1 row in set (0.00 sec)

これはOracleっぽくなりますね。ちなみにMySQLはSELECT文にFROM DUALつけなくでも実行できます。

ANSI_QUOTES

二重引用符を使用してリテラル文字列を引用できなくなります。

  • sql_mode:デフォルト
mysql> select "aaa" ;
+-----+
| aaa |
+-----+
| aaa |
+-----+
1 row in set (0.00 sec)
mysql> select "aaa" ;
ERROR 1054 (42S22): Unknown column 'aaa' in 'field list'

IGNORE_SPACE

関数名と 「(」 文字の間にスペースを許可します。

  • sql_mode:デフォルト
mysql> select count (*) from ENGINES;
ERROR 1064 (42000): You have an error in your SQL syntax; check the manual that corresponds to your MySQL server version for the right syntax to use near '*) from ENGINES' at line 1
mysql> select count (*) from ENGINES;
+-----------+
| count (*) |
+-----------+
|         9 |
+-----------+
1 row in set (0.00 sec)

ORACLE

これはsql_modeにOracleを設定したということ。

NO_KEY_OPTIONS

SHOW CREATE TABLE の出力で MySQL 固有のインデックスオプションを出力しません。このモードはポータビリティモードで mysqldump によって使用されます。

NO_TABLE_OPTIONS

SHOW CREATE TABLE の出力で MySQL 固有のテーブルオプション (ENGINE など) を出力しません。このモードはポータビリティモードで mysqldump によって使用されます。

NO_FIELD_OPTIONS

SHOW CREATE TABLE の出力に MySQL 固有のカラムオプションを出力しません。このモードはポータビリティモードで mysqldump によって使用されます。

この3つはまとめて紹介します。 以下のようなテーブルを作成します。

CREATE TABLE t1( 
  id int primary key auto_increment,
  id2 varchar(10) character set 'utf8' collate 'utf8_bin' ,
  id3 int, 
  key id2_hash(id2) using hash,
  key id3_withcomment(id3) comment 'test'
);

SHOW CREATE TABLEで出力の違いを確認します。

  • sql_mode:デフォルト
mysql> show create table t1\G
*************************** 1. row ***************************
       Table: t1
Create Table: CREATE TABLE `t1` (
  `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `id2` varchar(10) CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_bin DEFAULT NULL,
  `id3` int(11) DEFAULT NULL,
  PRIMARY KEY (`id`),
  KEY `id2_hash` (`id2`) USING HASH,
  KEY `id3_withcomment` (`id3`) COMMENT 'test'
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1
1 row in set (0.00 sec)
mysql> show create table t1\G
*************************** 1. row ***************************
       Table: t1
Create Table: CREATE TABLE `t1` (
  `id` int(11) NOT NULL,
  `id2` varchar(10) CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_bin DEFAULT NULL,
  `id3` int(11) DEFAULT NULL,
  PRIMARY KEY (`id`),
  KEY `id2_hash` (`id2`),
  KEY `id3_withcomment` (`id3`)
)
1 row in set (0.00 sec)

NO_KEY_OPTIONSでキー(セカンダリインデックス)に付属する情報の隠す。(USING HASHやCOMMENT 'test'のところ)
NO_TABLE_OPTIONSMySQL特有のテーブル構文を隠す。(ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1のところ)
NO_FIELD_OPTIONSMySQL特有のカラム構文を隠す。(AUTO_INCREMENTのところ)
CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_binこれも特有じゃないのかなと思いつつも。

NO_AUTO_CREATE_USER

認証情報が指定される場合を除き、ほかの方法で実行される場合は、GRANT ステートメントで新規ユーザーを自動的に作成しません。ステートメントは IDENTIFIED BY を使用した空以外のパスワードを指定するか、IDENTIFIED WITH を使用した認証プラグインを指定する必要があります。

これはMySQL5.7からsql_modeのデフォルト値に含まれていて、
OFFであればGrant文でユーザが作成されますが、ONであるとユーザを先に作成していないエラーになります。

  • sql_mode:デフォルト
mysql> GRANT SELECT ON *.* TO 'test'@'192.168.1.1';
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
mysql>  GRANT SELECT ON *.* TO 'test'@'192.168.1.1';
ERROR 1133 (42000): Can't find any matching row in the user table

以上、sql_modeをORACLEした際の説明でした。

結論はMySQLを使用するならsql_modeをORACLEにする理由はどこにもないです。
特にSHOW CREATE TABLEで大事な情報が隠れちゃうのはつらい。

明日は@discus_hamburgさんです!
確か去年も@discus_hamburgさんの前だった気がする。

Redis Cluster構築メモ

同一ホスト内にRedis Cluster構築してみたのでメモ。
version:Redis 3.2.6

インストール

動作確認のためなのでインストールの細かい設定は気にしない。適当に動作するように設定。

  • ダウンロード
mkdir /redis
wget http://download.redis.io/releases/redis-3.2.6.tar.gz
tar zxvf redis-3.2.6.tar.gz
make
make install

Redisを複数起動するため起動スクリプト編集

# vim utils/redis_init_script
REDISPORT=6379 → REDISPORT=$2
  • 設定ファイル変更

6台構成で作成するため、6つ設定ファイル作成

 vim /redis/redis-3.2.6/redis.conf

編集
daemonize no → yes
port 6379 → PORTBANGOU
protected-mode yes → no
pidfile /var/run/redis_6379.pid  → /var/run/redis_PORTBANGOU.pid
dir ./ → /redis
dbfilename dump.rdb dump_PORTBANGOU.rdb
bind 127.0.0.1 → #bind 127.0.0.1

追加
cluster-enabled yes
cluster-config-file nodes_PORTBANGOU.conf
cluster-node-timeout 15000
cluster-require-full-coverage yes
  • ポート番号7001 - 7006までの設定ファイル配置
# mkdir /etc/redis
# for ii in `seq 7001 7006`; do cat /redis/redis-3.2.6/redis.conf |  sed -e "s/PORTBANGOU/${ii}/g" > /etc/redis/${ii}.conf ; done

# ls -ltr /etc/redis/
total 288
-rw-r--r-- 1 root root 46823 Dec  8 02:03 7001.conf
-rw-r--r-- 1 root root 46823 Dec  8 02:03 7002.conf
-rw-r--r-- 1 root root 46823 Dec  8 02:03 7003.conf
-rw-r--r-- 1 root root 46823 Dec  8 02:03 7004.conf
-rw-r--r-- 1 root root 46823 Dec  8 02:03 7005.conf
-rw-r--r-- 1 root root 46823 Dec  8 02:03 7006.conf
  • 起動
# for ii in `seq 7001 7006`; do /redis/redis-3.2.6/utils/redis_init_script start $ii; done

[root@80efe0c08de2 redis-3.2.6]# ps aux | grep redis
root       3727  0.0  0.0  40788  2620 ?        Ssl  02:26   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7001 [cluster]
root       3732  0.0  0.0  40788  2624 ?        Ssl  02:26   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7002 [cluster]
root       3737  0.0  0.0  40788  2620 ?        Ssl  02:26   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7003 [cluster]
root       3742  0.0  0.0  40788  2624 ?        Ssl  02:26   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7004 [cluster]
root       3747  0.0  0.0  40788  2620 ?        Ssl  02:26   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7005 [cluster]
root       3752  0.0  0.0  40788  2620 ?        Ssl  02:26   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7006 [cluster]

6台構成でクラスター作成する

↓を作成する。

slot master slave
0-5460 172.17.0.4:7001 172.17.0.4:7002
5461-10922 172.17.0.4:7003 172.17.0.4:7004
10923-16383 172.17.0.4:7005 172.17.0.4:7006
  • ポート番号7001,7003,7005をマスターとするクラスターを作成
# yum install rubygems -y
# gem install redis

# redis-trib.rb create 172.17.0.4:7001 172.17.0.4:7003 172.17.0.4:7005

# redis-cli -p 7001 cluster nodes | sort -k2
1b6d03569f09e6009a25b941887ac1275759d172 172.17.0.4:7001 myself,master - 0 0 1 connected 0-5460
7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501 172.17.0.4:7003 master - 0 1481164053943 2 connected 5461-10922
abe6531b02045b6e16cf51849ba6f7ff22300aa5 172.17.0.4:7005 master - 0 1481164054945 3 connected 10923-16383
  • 各マスターに対してスレーブ作成
# redis-trib.rb add-node --slave 172.17.0.4:7002 172.17.0.4:7001
# redis-trib.rb add-node --slave 172.17.0.4:7004 172.17.0.4:7003
# redis-trib.rb add-node --slave 172.17.0.4:7006 172.17.0.4:7005

# redis-cli -p 7001 cluster nodes | sort -k2
1b6d03569f09e6009a25b941887ac1275759d172 172.17.0.4:7001 myself,master - 0 0 1 connected 0-5460
c17a5b65fb4ab1b802995ef8769edbe3290d7a03 172.17.0.4:7002 slave 1b6d03569f09e6009a25b941887ac1275759d172 0 1481164102029 1 connected
7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501 172.17.0.4:7003 master - 0 1481164103031 2 connected 5461-10922
e924857295ad43ccf9f2d792872e4d41293cab07 172.17.0.4:7004 slave 7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501 0 1481164105034 2 connected
abe6531b02045b6e16cf51849ba6f7ff22300aa5 172.17.0.4:7005 master - 0 1481164104033 3 connected 10923-16383
89bc1da3bc8417e4513d33d7a175fc48764ec70a 172.17.0.4:7006 slave abe6531b02045b6e16cf51849ba6f7ff22300aa5 0 1481164100229 3 connected

これでクラスター作成完了。

ノードを追加してみる

  • 今こういう状態
slot master slave master_nodeid slave_nodeid
0-5460 172.17.0.4:7001 172.17.0.4:7002 1b6d03569f09e6009a25b941887ac1275759d172 c17a5b65fb4ab1b802995ef8769edbe3290d7a03
5461-10922 172.17.0.4:7003 172.17.0.4:7004 7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501 e924857295ad43ccf9f2d792872e4d41293cab07
10923-16383 172.17.0.4:7005 172.17.0.4:7006 abe6531b02045b6e16cf51849ba6f7ff22300aa5 89bc1da3bc8417e4513d33d7a175fc48764ec70a

ここに172.17.0.4:7007172:17.0.1:7008を追加してリシャードさせる

  • 7007と7008のノードの設定ファイル作成して起動
# for ii in 7007 7008; do cat /redis/redis-3.2.6/redis.conf |  sed -e "s/PORTBANGOU/${ii}/g" > /etc/redis/${ii}.conf ; done
# ls /etc/redis
7001.conf  7002.conf  7003.conf  7004.conf  7005.conf  7006.conf  7007.conf  7008.conf

# for ii in 7007 7008; do /redis/redis-3.2.6/utils/redis_init_script start $ii; done
# ps aux | grep edis
root       3727  9.4  0.0  40788  3612 ?        Ssl  02:26   1:14 /usr/local/bin/redis-server *:7001 [cluster]
root       3732  0.0  0.0  40788  3252 ?        Ssl  02:26   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7002 [cluster]
root       3737  0.1  0.0  40788  3604 ?        Ssl  02:26   0:01 /usr/local/bin/redis-server *:7003 [cluster]
root       3742  0.0  0.0  40788  3228 ?        Ssl  02:26   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7004 [cluster]
root       3747  0.1  0.0  40788  3608 ?        Ssl  02:26   0:01 /usr/local/bin/redis-server *:7005 [cluster]
root       3752  0.0  0.0  40788  3212 ?        Ssl  02:26   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7006 [cluster]
root      22474  0.0  0.0  36692  2560 ?        Ssl  02:39   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7007 [cluster]
root      22479  0.0  0.0  36692  2568 ?        Ssl  02:39   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7008 [cluster]

ここではまだハッシュスロットの割当はない

# redis-trib.rb add-node 172.17.0.4:7007 172.17.0.4:7001
# redis-trib.rb add-node --slave 172.17.0.4:7008 172.17.0.4:7007


# redis-cli -p 7001 cluster nodes | sort -k2
1b6d03569f09e6009a25b941887ac1275759d172 172.17.0.4:7001 myself,master - 0 0 1 connected 0-5460
c17a5b65fb4ab1b802995ef8769edbe3290d7a03 172.17.0.4:7002 slave 1b6d03569f09e6009a25b941887ac1275759d172 0 1481164803460 1 connected
7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501 172.17.0.4:7003 master - 0 1481164798952 2 connected 5461-10922
e924857295ad43ccf9f2d792872e4d41293cab07 172.17.0.4:7004 slave 7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501 0 1481164805463 2 connected
abe6531b02045b6e16cf51849ba6f7ff22300aa5 172.17.0.4:7005 master - 0 1481164801455 3 connected 10923-16383
89bc1da3bc8417e4513d33d7a175fc48764ec70a 172.17.0.4:7006 slave abe6531b02045b6e16cf51849ba6f7ff22300aa5 0 1481164804460 3 connected
0c55b1cba923d063cb7566b80f098c7dddea8f96 172.17.0.4:7007 master - 0 1481164802958 0 connected
3ed3899c6ba3ca1371235f91cd8502297c3a46b9 172.17.0.4:7008 slave 0c55b1cba923d063cb7566b80f098c7dddea8f96 0 1481164802457 0 connected
  • リシャード
    • 16384のハッシュスロットに分かれてるので4シャードで割る。16384/4=4096
    • 追加したマスター(port:7007)のノードIDを指定する
# redis-trib.rb reshard 172.17.0.4:7007

How many slots do you want to move (from 1 to 16384)? 4096
What is the receiving node ID? 0c55b1cba923d063cb7566b80f098c7dddea8f96
Please enter all the source node IDs.
  Type 'all' to use all the nodes as source nodes for the hash slots.
  Type 'done' once you entered all the source nodes IDs.
Source node #1:all

# redis-cli -p 7001 cluster nodes | sort -k2
1b6d03569f09e6009a25b941887ac1275759d172 172.17.0.4:7001 myself,master - 0 0 1 connected 1365-5460
c17a5b65fb4ab1b802995ef8769edbe3290d7a03 172.17.0.4:7002 slave 1b6d03569f09e6009a25b941887ac1275759d172 0 1481165063925 1 connected
7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501 172.17.0.4:7003 master - 0 1481165061923 2 connected 6827-10922
e924857295ad43ccf9f2d792872e4d41293cab07 172.17.0.4:7004 slave 7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501 0 1481165061923 2 connected
abe6531b02045b6e16cf51849ba6f7ff22300aa5 172.17.0.4:7005 master - 0 1481165060921 3 connected 12288-16383
89bc1da3bc8417e4513d33d7a175fc48764ec70a 172.17.0.4:7006 slave abe6531b02045b6e16cf51849ba6f7ff22300aa5 0 1481165062924 3 connected
0c55b1cba923d063cb7566b80f098c7dddea8f96 172.17.0.4:7007 master - 0 1481165058918 4 connected 0-1364 5461-6826 10923-12287
3ed3899c6ba3ca1371235f91cd8502297c3a46b9 172.17.0.4:7008 slave 0c55b1cba923d063cb7566b80f098c7dddea8f96 0 1481165058918 4 connected
slot master slave
1365-5460 172.17.0.4:7001 172.17.0.4:7002
6827-10922 172.17.0.4:7003 172.17.0.4:7004
12288-16383 172.17.0.4:7005 172.17.0.4:7006
0-1364 5461-6826 10923-12287 172.17.0.4:7007 172.17.0.4:7008

完了

ノードを撤去してみる

  • 今の状態
slot master slave master_nodeid slave_nodeid
1365-5460 172.17.0.4:7001 172.17.0.4:7002 1b6d03569f09e6009a25b941887ac1275759d172 c17a5b65fb4ab1b802995ef8769edbe3290d7a03
6827-10922 172.17.0.4:7003 172.17.0.4:7004 7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501 e924857295ad43ccf9f2d792872e4d41293cab07
12288-16383 172.17.0.4:7005 172.17.0.4:7006 abe6531b02045b6e16cf51849ba6f7ff22300aa5 89bc1da3bc8417e4513d33d7a175fc48764ec70a
0-1364 5461-6826 10923-12287 172.17.0.4:7007 172.17.0.4:7008 0c55b1cba923d063cb7566b80f098c7dddea8f96 3ed3899c6ba3ca1371235f91cd8502297c3a46b9

ここから172.17.0.4:7003172.17.0.4:7004を取り除く

今のハッシュスロットの割合はノード単位で4096なので4096/3=1365,1365,1366でそれぞれのノードに割り振る

  • 7001のノードに割当
# redis-trib.rb reshard --from 7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501 --to 1b6d03569f09e6009a25b941887ac1275759d172 --slots 1365 --yes 172.17.0.4:7001

# redis-cli -p 7001 cluster nodes | sort -k2
1b6d03569f09e6009a25b941887ac1275759d172 172.17.0.4:7001 myself,master - 0 0 5 connected 1365-5460 6827-8191
c17a5b65fb4ab1b802995ef8769edbe3290d7a03 172.17.0.4:7002 slave 1b6d03569f09e6009a25b941887ac1275759d172 0 1481165235210 5 connected
7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501 172.17.0.4:7003 master - 0 1481165233208 2 connected 8192-10922
e924857295ad43ccf9f2d792872e4d41293cab07 172.17.0.4:7004 slave 7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501 0 1481165236211 2 connected
abe6531b02045b6e16cf51849ba6f7ff22300aa5 172.17.0.4:7005 master - 0 1481165236713 3 connected 12288-16383
89bc1da3bc8417e4513d33d7a175fc48764ec70a 172.17.0.4:7006 slave abe6531b02045b6e16cf51849ba6f7ff22300aa5 0 1481165238213 3 connected
0c55b1cba923d063cb7566b80f098c7dddea8f96 172.17.0.4:7007 master - 0 1481165237212 4 connected 0-1364 5461-6826 10923-12287
3ed3899c6ba3ca1371235f91cd8502297c3a46b9 172.17.0.4:7008 slave 0c55b1cba923d063cb7566b80f098c7dddea8f96 0 1481165234209 4 connected
  • 7005のノードに割当
# redis-trib.rb reshard --from 7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501 --to abe6531b02045b6e16cf51849ba6f7ff22300aa5 --slots 1365 --yes 172.17.0.4:7005

# redis-cli -p 7001 cluster nodes | sort -k2
1b6d03569f09e6009a25b941887ac1275759d172 172.17.0.4:7001 myself,master - 0 0 5 connected 1365-5460 6827-8191
c17a5b65fb4ab1b802995ef8769edbe3290d7a03 172.17.0.4:7002 slave 1b6d03569f09e6009a25b941887ac1275759d172 0 1481165279296 5 connected
7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501 172.17.0.4:7003 master - 0 1481165282804 2 connected 9557-10922
e924857295ad43ccf9f2d792872e4d41293cab07 172.17.0.4:7004 slave 7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501 0 1481165283305 2 connected
abe6531b02045b6e16cf51849ba6f7ff22300aa5 172.17.0.4:7005 master - 0 1481165278294 6 connected 8192-9556 12288-16383
89bc1da3bc8417e4513d33d7a175fc48764ec70a 172.17.0.4:7006 slave abe6531b02045b6e16cf51849ba6f7ff22300aa5 0 1481165282303 6 connected
0c55b1cba923d063cb7566b80f098c7dddea8f96 172.17.0.4:7007 master - 0 1481165284306 4 connected 0-1364 5461-6826 10923-12287
3ed3899c6ba3ca1371235f91cd8502297c3a46b9 172.17.0.4:7008 slave 0c55b1cba923d063cb7566b80f098c7dddea8f96 0 1481165281300 4 connected
  • 7007のノードに割当
# redis-trib.rb reshard --from 7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501 --to 0c55b1cba923d063cb7566b80f098c7dddea8f96 --slots 1366 --yes 172.17.0.4:7007

# redis-cli -p 7001 cluster nodes | sort -k2
1b6d03569f09e6009a25b941887ac1275759d172 172.17.0.4:7001 myself,master - 0 0 5 connected 1365-5460 6827-8191
c17a5b65fb4ab1b802995ef8769edbe3290d7a03 172.17.0.4:7002 slave 1b6d03569f09e6009a25b941887ac1275759d172 0 1481165327396 5 connected
7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501 172.17.0.4:7003 master - 0 1481165323386 2 connected
e924857295ad43ccf9f2d792872e4d41293cab07 172.17.0.4:7004 slave 7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501 0 1481165324390 2 connected
abe6531b02045b6e16cf51849ba6f7ff22300aa5 172.17.0.4:7005 master - 0 1481165322386 6 connected 8192-9556 12288-16383
89bc1da3bc8417e4513d33d7a175fc48764ec70a 172.17.0.4:7006 slave abe6531b02045b6e16cf51849ba6f7ff22300aa5 0 1481165325392 6 connected
0c55b1cba923d063cb7566b80f098c7dddea8f96 172.17.0.4:7007 master - 0 1481165321383 7 connected 0-1364 5461-6826 9557-12287
3ed3899c6ba3ca1371235f91cd8502297c3a46b9 172.17.0.4:7008 slave 0c55b1cba923d063cb7566b80f098c7dddea8f96 0 1481165326394 7 connected
元slot reshard1回目slot reshard2回目slot reshard3回目slot master slave
1365-5460 1365-5460 6827-8191 1365-5460 6827-8191 1365-5460 6827-8191 172.17.0.4:7001 172.17.0.4:7002
6827-10922 8192-10922 9557-10922 172.17.0.4:7003 172.17.0.4:7004
12288-16383 12288-16383 8192-9556 12288-16383 8192-9556 12288-16383 172.17.0.4:7005 172.17.0.4:7006
0-1364 5461-6826 10923-12287 0-1364 5461-6826 10923-12287 0-1364 5461-6826 10923-12287 0-1364 5461-6826 9557-12287 172.17.0.4:7007 172.17.0.4:7008

7003と7004のノードへのハッシュスロットの割当がなくなった。

  • ノードの削除
# redis-trib.rb del-node 172.17.0.4:7004 e924857295ad43ccf9f2d792872e4d41293cab07
# redis-trib.rb del-node 172.17.0.4:7003 7d2e412e417f4d077bf50372f472f9103c480501
# redis-cli -p 7001 cluster nodes | sort -k2
1b6d03569f09e6009a25b941887ac1275759d172 172.17.0.4:7001 myself,master - 0 0 5 connected 1365-5460 6827-8191
c17a5b65fb4ab1b802995ef8769edbe3290d7a03 172.17.0.4:7002 slave 1b6d03569f09e6009a25b941887ac1275759d172 0 1481165531737 5 connected
abe6531b02045b6e16cf51849ba6f7ff22300aa5 172.17.0.4:7005 master - 0 1481165530735 6 connected 8192-9556 12288-16383
89bc1da3bc8417e4513d33d7a175fc48764ec70a 172.17.0.4:7006 slave abe6531b02045b6e16cf51849ba6f7ff22300aa5 0 1481165529732 6 connected
0c55b1cba923d063cb7566b80f098c7dddea8f96 172.17.0.4:7007 master - 0 1481165532739 7 connected 0-1364 5461-6826 9557-12287
3ed3899c6ba3ca1371235f91cd8502297c3a46b9 172.17.0.4:7008 slave 0c55b1cba923d063cb7566b80f098c7dddea8f96 0 1481165533739 7 connected
slot master slave
1365-5460 6827-8191 172.17.0.4:7001 172.17.0.4:7002
8192-9556 12288-16383 172.17.0.4:7005 172.17.0.4:7006
0-1364 5461-6826 9557-12287 172.17.0.4:7007 172.17.0.4:7008

ノードを移動してみる

slot master slave
0-5460 172.17.0.4:7001 172.17.0.4:7002
5461-10922 172.17.0.4:7003 172.17.0.4:7004
10923-16383 172.17.0.4:7005 172.17.0.4:7006

↓こうしたい

slot master slave
0-5460 172.17.0.4:7001 172.17.0.4:7002
5461-10922 172.17.0.4:7007 172.17.0.4:7008
10923-16383 172.17.0.4:7005 172.17.0.4:7006
  • 事前準備

先程作成したクラスター構成を作り直す

ノード停止
# for ii in `seq 7001 7008`; do /redis/redis-3.2.6/utils/redis_init_script stop $ii; done

rdbファイルとクラスター構成ファイルを削除する
# ls /redis/
dump_7001.rdb  dump_7002.rdb  dump_7003.rdb  dump_7004.rdb  dump_7005.rdb  dump_7006.rdb  dump_7007.rdb  dump_7008.rdb  nodes_7001.conf  nodes_7002.conf  nodes_7003.conf  nodes_7004.conf  nodes_7005.conf  nodes_7006.conf  nodes_7007.conf  nodes_7008.conf  redis-3.2.6  redis-3.2.6.tar.gz

# rm -f /redis/*.rdb /redis/nodes*.conf

6台構成でクラスター作成するに戻って再作成

こういう状態にする。ポート7007と7008のノードはクラスターに参加していない状態。

# redis-cli -p 7001 cluster nodes | sort -k2
550a91f2f1a88e5630ee8e6c3d1d61970715de2b 172.17.0.4:7001 myself,master - 0 0 1 connected 0-5460
f7b36ed09baeae6d65004e066f11c1b0552cffe7 172.17.0.4:7002 slave 550a91f2f1a88e5630ee8e6c3d1d61970715de2b 0 1481166155471 1 connected
269d5a679b3bc24c47ecd0fc5cea911fbcc329b2 172.17.0.4:7003 master - 0 1481166157474 2 connected 5461-10922
77d3ce18b67647392b753bbbf1148870b3581d42 172.17.0.4:7004 slave 269d5a679b3bc24c47ecd0fc5cea911fbcc329b2 0 1481166156472 2 connected
c2fa1ae4060ad07ca30ea0c762e1e32d6e480360 172.17.0.4:7005 master - 0 1481166152466 3 connected 10923-16383
40d5b8e1241560b53d114b4e363935de66fe5646 172.17.0.4:7006 slave c2fa1ae4060ad07ca30ea0c762e1e32d6e480360 0 1481166156973 3 connected

# ps aux | grep redis
root      22562  0.0  0.0  38740  3092 ?        Rsl  03:01   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7001 [cluster]
root      22565  0.0  0.0  36692  2840 ?        Ssl  03:01   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7002 [cluster]
root      22572  0.0  0.0  38740  3036 ?        Ssl  03:01   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7003 [cluster]
root      22576  0.0  0.0  36692  2828 ?        Ssl  03:01   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7004 [cluster]
root      22582  0.0  0.0  38740  3056 ?        Ssl  03:01   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7005 [cluster]
root      22585  0.0  0.0  36692  2816 ?        Ssl  03:01   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7006 [cluster]
root      22604  0.0  0.0  36692  2564 ?        Ssl  03:02   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7007 [cluster]
root      22607  0.0  0.0  36692  2564 ?        Ssl  03:02   0:00 /usr/local/bin/redis-server *:7008 [cluster]
root      22615  0.0  0.0   6440   696 ?        S+   03:03   0:00 grep redis
  • 7007のノードを7003のノードのスレーブにする
# redis-trib.rb add-node --slave 172.17.0.4:7007 172.17.0.4:7003

# redis-cli -p 7001 cluster nodes | sort -k2
550a91f2f1a88e5630ee8e6c3d1d61970715de2b 172.17.0.4:7001 myself,master - 0 0 1 connected 0-5460
f7b36ed09baeae6d65004e066f11c1b0552cffe7 172.17.0.4:7002 slave 550a91f2f1a88e5630ee8e6c3d1d61970715de2b 0 1481166293708 1 connected
269d5a679b3bc24c47ecd0fc5cea911fbcc329b2 172.17.0.4:7003 master - 0 1481166294710 2 connected 5461-10922
77d3ce18b67647392b753bbbf1148870b3581d42 172.17.0.4:7004 slave 269d5a679b3bc24c47ecd0fc5cea911fbcc329b2 0 1481166290702 2 connected
c2fa1ae4060ad07ca30ea0c762e1e32d6e480360 172.17.0.4:7005 master - 0 1481166291704 3 connected 10923-16383
40d5b8e1241560b53d114b4e363935de66fe5646 172.17.0.4:7006 slave c2fa1ae4060ad07ca30ea0c762e1e32d6e480360 0 1481166290201 3 connected
eaa0636eaa96d62b20a6440d132ec57addf07109 172.17.0.4:7007 slave 269d5a679b3bc24c47ecd0fc5cea911fbcc329b2 0 1481166289700 2 connected 追加された
slot master slave
0-5460 172.17.0.4:7001 172.17.0.4:7002
5461-10922 172.17.0.4:7003 172.17.0.4:7004
172.17.0.4:7007
10923-16383 172.17.0.4:7005 172.17.0.4:7006
  • 7004のノードを抜く
# redis-trib.rb del-node 127.0.0.1:7004 77d3ce18b67647392b753bbbf1148870b3581d42

# redis-cli -p 7001 cluster nodes | sort -k2
550a91f2f1a88e5630ee8e6c3d1d61970715de2b 172.17.0.4:7001 myself,master - 0 0 1 connected 0-5460
f7b36ed09baeae6d65004e066f11c1b0552cffe7 172.17.0.4:7002 slave 550a91f2f1a88e5630ee8e6c3d1d61970715de2b 0 1481166368835 1 connected
269d5a679b3bc24c47ecd0fc5cea911fbcc329b2 172.17.0.4:7003 master - 0 1481166366834 2 connected 5461-10922
c2fa1ae4060ad07ca30ea0c762e1e32d6e480360 172.17.0.4:7005 master - 0 1481166365831 3 connected 10923-16383
40d5b8e1241560b53d114b4e363935de66fe5646 172.17.0.4:7006 slave c2fa1ae4060ad07ca30ea0c762e1e32d6e480360 0 1481166369838 3 connected
eaa0636eaa96d62b20a6440d132ec57addf07109 172.17.0.4:7007 slave 269d5a679b3bc24c47ecd0fc5cea911fbcc329b2 0 1481166370839 2 connected
slot master slave
0-5460 172.17.0.4:7001 172.17.0.4:7002
5461-10922 172.17.0.4:7003 172.17.0.4:7007
10923-16383 172.17.0.4:7005 172.17.0.4:7006
  • 7003のマスターノード - 7007のスレーブノードをフェールオーバする スレーブ側で実施する
# redis-cli -p 7007 cluster failover

# redis-cli -p 7001 cluster nodes | sort -k2
550a91f2f1a88e5630ee8e6c3d1d61970715de2b 172.17.0.4:7001 myself,master - 0 0 1 connected 0-5460
f7b36ed09baeae6d65004e066f11c1b0552cffe7 172.17.0.4:7002 slave 550a91f2f1a88e5630ee8e6c3d1d61970715de2b 0 1481166471012 1 connected
269d5a679b3bc24c47ecd0fc5cea911fbcc329b2 172.17.0.4:7003 slave eaa0636eaa96d62b20a6440d132ec57addf07109 0 1481166467004 4 connected
c2fa1ae4060ad07ca30ea0c762e1e32d6e480360 172.17.0.4:7005 master - 0 1481166470010 3 connected 10923-16383
40d5b8e1241560b53d114b4e363935de66fe5646 172.17.0.4:7006 slave c2fa1ae4060ad07ca30ea0c762e1e32d6e480360 0 1481166469008 3 connected
eaa0636eaa96d62b20a6440d132ec57addf07109 172.17.0.4:7007 master - 0 1481166468006 4 connected 5461-10922
slot master slave
0-5460 172.17.0.4:7001 172.17.0.4:7002
5461-10922 172.17.0.4:7007 172.17.0.4:7003
10923-16383 172.17.0.4:7005 172.17.0.4:7006
  • 7008のノードを7007のノードのスレーブにする
# redis-trib.rb add-node --slave 172.17.0.4:7008 172.17.0.4:7007

# redis-cli -p 7001 cluster nodes | sort -k2
550a91f2f1a88e5630ee8e6c3d1d61970715de2b 172.17.0.4:7001 myself,master - 0 0 1 connected 0-5460
f7b36ed09baeae6d65004e066f11c1b0552cffe7 172.17.0.4:7002 slave 550a91f2f1a88e5630ee8e6c3d1d61970715de2b 0 1481166527103 1 connected
269d5a679b3bc24c47ecd0fc5cea911fbcc329b2 172.17.0.4:7003 slave eaa0636eaa96d62b20a6440d132ec57addf07109 0 1481166528104 4 connected
c2fa1ae4060ad07ca30ea0c762e1e32d6e480360 172.17.0.4:7005 master - 0 1481166526602 3 connected 10923-16383
40d5b8e1241560b53d114b4e363935de66fe5646 172.17.0.4:7006 slave c2fa1ae4060ad07ca30ea0c762e1e32d6e480360 0 1481166524598 3 connected
eaa0636eaa96d62b20a6440d132ec57addf07109 172.17.0.4:7007 master - 0 1481166522094 4 connected 5461-10922
13a4814123df21a1ead7616f2e801e2d47749396 172.17.0.4:7008 slave eaa0636eaa96d62b20a6440d132ec57addf07109 0 1481166529106 4 connected
slot master slave
0-5460 172.17.0.4:7001 172.17.0.4:7002
5461-10922 172.17.0.4:7007 172.17.0.4:7003
172.17.0.4:7008
10923-16383 172.17.0.4:7005 172.17.0.4:7006
  • 7003のノードを抜く。
# redis-trib.rb del-node 127.0.0.1:7003 269d5a679b3bc24c47ecd0fc5cea911fbcc329b2

# redis-cli -p 7001 cluster nodes | sort -k2
550a91f2f1a88e5630ee8e6c3d1d61970715de2b 172.17.0.4:7001 myself,master - 0 0 1 connected 0-5460
f7b36ed09baeae6d65004e066f11c1b0552cffe7 172.17.0.4:7002 slave 550a91f2f1a88e5630ee8e6c3d1d61970715de2b 0 1481166593220 1 connected
c2fa1ae4060ad07ca30ea0c762e1e32d6e480360 172.17.0.4:7005 master - 0 1481166587711 3 connected 10923-16383
40d5b8e1241560b53d114b4e363935de66fe5646 172.17.0.4:7006 slave c2fa1ae4060ad07ca30ea0c762e1e32d6e480360 0 1481166592219 3 connected
eaa0636eaa96d62b20a6440d132ec57addf07109 172.17.0.4:7007 master - 0 1481166593721 4 connected 5461-10922
13a4814123df21a1ead7616f2e801e2d47749396 172.17.0.4:7008 slave eaa0636eaa96d62b20a6440d132ec57addf07109 0 1481166594223 4 connected
slot master slave
0-5460 172.17.0.4:7001 172.17.0.4:7002
5461-10922 172.17.0.4:7007 172.17.0.4:7008
10923-16383 172.17.0.4:7005 172.17.0.4:7006

MySQLのInnoDBセカンダリインデックスのロック

MySQLのセカンダリインデックスのロックで嵌ったのでメモ。

isolationがREPEATABLE-READのときギャップロックやらネクストキーロックはセカンダリーインデックスの場合どうなるかよくわかってなかった。

例えば、こんなテーブル作ってcol2にインデックスを作成する。で、インデックスのロックを見る。

CREATE TABLE `t1` (
  `col_pk` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `col2` int(11) DEFAULT NULL,
  `col3` varchar(10) DEFAULT NULL,
  PRIMARY KEY (`col_pk`),
  KEY `col2` (`col2`)
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1

データはこんな。PKが3は空いている状態

insert into t1(col_pk,col2,col3) values (1,10,'AAA');
insert into t1(col_pk,col2,col3) values (2,20,'AAA');
insert into t1(col_pk,col2,col3) values (4,40,'AAA');
insert into t1(col_pk,col2,col3) values (5,50,'AAA');
insert into t1(col_pk,col2,col3) values (6,60,'AAA');

+--------+------+------+
| col_pk | col2 | col3 |
+--------+------+------+
|      1 |   10 | AAA  |
|      2 |   20 | AAA  |
|      4 |   40 | AAA  |
|      5 |   50 | AAA  |
|      6 |   60 | AAA  |
+--------+------+------+

これで、
UPDATE t1 SET col3='ZZZ' WHERE col2=50;
した場合どの範囲でロックが取得されるか。 InnoDB Lock Monitorで確認する。

---TRANSACTION 14903, ACTIVE 3 sec
4 lock struct(s), heap size 1184, 3 row lock(s), undo log entries 1
MySQL thread id 71, OS thread handle 0x7fcab3430700, query id 957 localhost root cleaning up
TABLE LOCK table `oo`.`t1` trx id 14903 lock mode IX

★1
RECORD LOCKS space id 68 page no 4 n bits 72 index `col2` of table `oo`.`t1` trx id 14903 lock_mode X
Record lock, heap no 5 PHYSICAL RECORD: n_fields 2; compact format; info bits 0
 0: len 4; hex 80000032; asc    2;;
 1: len 4; hex 80000005; asc     ;;

★2
RECORD LOCKS space id 68 page no 3 n bits 72 index `PRIMARY` of table `oo`.`t1` trx id 14903 lock_mode X locks rec but not gap 
Record lock, heap no 5 PHYSICAL RECORD: n_fields 5; compact format; info bits 0
 0: len 4; hex 80000005; asc     ;;
 1: len 6; hex 000000003a37; asc     :7;;
 2: len 7; hex 55000001cc0312; asc U      ;;
 3: len 4; hex 80000032; asc    2;;
 4: len 3; hex 5a5a5a; asc ZZZ;;

★3
RECORD LOCKS space id 68 page no 4 n bits 72 index `col2` of table `oo`.`t1` trx id 14903 lock_mode X locks gap before rec
Record lock, heap no 6 PHYSICAL RECORD: n_fields 2; compact format; info bits 0
 0: len 4; hex 8000003c; asc    <;;
 1: len 4; hex 80000006; asc     ;;

3つの種類のRECORD LOCKSが確認できる。まずその内容の理解。
まず★1

RECORD LOCKS space id 68 page no 4 n bits 72 index `col2` of table `oo`.`t1` trx id 14903 lock_mode X
Record lock, heap no 5 PHYSICAL RECORD: n_fields 2; compact format; info bits 0
 0: len 4; hex 80000032; asc    2;;
 1: len 4; hex 80000005; asc     ;;

index `col2`がcol2のインデックス
lock_mode Xがネクストキーロック
0: len 4; hex 80000032; asc 2;;がcol2の値の16進数(16進数で32は10進数で50)
よって、col2インデックスの値50に対してネクストキーロック取得

続いて★2

RECORD LOCKS space id 68 page no 3 n bits 72 index `PRIMARY` of table `oo`.`t1` trx id 14903 lock_mode X locks rec but not gap
Record lock, heap no 5 PHYSICAL RECORD: n_fields 5; compact format; info bits 0
 0: len 4; hex 80000005; asc     ;;
 1: len 6; hex 000000003a37; asc     :7;;
 2: len 7; hex 55000001cc0312; asc U      ;;
 3: len 4; hex 80000032; asc    2;;
 4: len 3; hex 5a5a5a; asc ZZZ;;

index `PRIMARY` がプライマリーキー
lock_mode X locks rec but not gap がレコードロック
0: len 4; hex 80000005; asc ;;がプライマリーキーの値の16進数(16進数で5は10進数で5)
よって、プライマリーキーの値5に対してレコードロック取得

最後★3

RECORD LOCKS space id 68 page no 4 n bits 72 index `col2` of table `oo`.`t1` trx id 14903 lock_mode X locks gap before rec
Record lock, heap no 6 PHYSICAL RECORD: n_fields 2; compact format; info bits 0
 0: len 4; hex 8000003c; asc    <;;
 1: len 4; hex 80000006; asc     ;;

index `col2`がcol2のインデックス
lock_mode X locks gap before recがギャップロック
0: len 4; hex 8000003c; asc <;;がcol2の値の16進数(16進数で3cは10進数で60)
よって、col2インデックスの値60までギャップロックを取得

これをまとめると、

col2 40  ------------------------- 50   ---------------------------   60
       |                             |                             |
         値50のネクストキーロック          値60ギャップロック    


primary key 5にレコードロック   

col2への挿入は問答無用で41~59まではロックされるのはわかっていたが、40と60でも挿入できないパターンがあった。
トランザクションを起動して歯抜けだったPKの3と最大値の7でそれぞれ実行できるか待機するか確認。

SQL col2の値 結果
insert into t1(col_pk,col2,col3) values (7,39,'AAA'); 39 OK
insert into t1(col_pk,col2,col3) values (7,40,'AAA'); 40 待機
insert into t1(col_pk,col2,col3) values (7,41,'AAA'); 41 待機
insert into t1(col_pk,col2,col3) values (7,59,'AAA'); 59 待機
insert into t1(col_pk,col2,col3) values (7,60,'AAA'); 60 OK
insert into t1(col_pk,col2,col3) values (3,40,'AAA'); 40 OK
insert into t1(col_pk,col2,col3) values (3,41,'AAA'); 41 待機
insert into t1(col_pk,col2,col3) values (3,59,'AAA'); 59 待機
insert into t1(col_pk,col2,col3) values (3,60,'AAA'); 60 待機
insert into t1(col_pk,col2,col3) values (3,61,'AAA'); 61 OK

PKの3に対してはcol2の41~60が待機
PKの7に対してはcol2の40~59が待機
という結果に。41~59だけだと思ってたのでここで嵌った。

これは、セカンダリーインデックスはリーフノードにプライマリーキーを持つのでロックの範囲がそのプライマリーキーも意識しないとだめなようだった。

               値50のネクストキーロック          値60ギャップロック       
col2      40  ------------------------- 50   ---------------------------   60

          |                             |                                  |

col_pk    4  -------------------------  5   -----------------------------  6
            ↑                              ↑
            (7,40,'AAA')待機                                         (3,60,'AAA')待機
   ↑                                                                               ↑
  (3,40,'AAA')OK                                    (7,60,'AAA')OK

こうなっているわけだから、
(7,40,'AAA')はcol_pk:4より大きいため待機するが(3,40,'AAA')はcol_pk:4より小さいので挿入可能。
(3,60,'AAA')はcol_pk:6より小さいため待機するが(7,60,'AAA')はcol_pk:6より大きいので挿入可能。

参考
ギャップロックやらネクストキーロックはこちらの記事で大変理解できました。
InnoDBのロックの範囲とネクストキーロックの話 - かみぽわーる